заставить fsck после рестарта проверить все разделы.

sudo touch /forcefsck && sudo shutdown -r +0

Количество монтирований (перезагрузок). В примере после 10 - будет проверка.

sudo tune2fs -c 10 /dev/имя-раздела

Количество дней. В примере после 7 дней - будет проверка.

sudo tune2fs -i 7d /dev/имя-раздела